L'occupation du site remonte à très loin : des traces du néolithique et de l'âge de bronze furent retrouvées. Le culte de la fertilité y était aussi très ancien, la greque Aphrodite fut probablement précédée de déesses antérieures comme l'assyrienne Nin.
Jusqu'au IIe avant notre ère, Aphrodisias demeura pendant des siècles un simple village bien qu'elle se situait près des principales routes commerciales et qu'elle bénéficiait d'une position stratégique entre la Lydie, la Phrygie, et la Carie.
Ayant soutenu les romains lors de la révolte de Mithridate, la cité en fut récompensée par l'obtention de divers privilèges et le soutien direct de plusieurs empereurs. La ville s'épanouit, devint renommée pour son école de sculpture qui bénéficiait de carrières de marbre de bonne qualité. Elle exporta ses créations jusqu'à Rome même.
Aphrodisias se convertit tardivement au christianisme, près de deux siècles après l'interdit de Théodose à l'égard des cultes païens.
C'est seulement au IVe siècle que la cité construisit ses murs, qui ne résistèrent pas longtemps au assauts et aux tremblements de terre et ne l'empêchèrent pas de décliner à l'époque byzantine. Aphrodisias fut définitivement abandonnée au 13e siècle. Parmi ses ruines, le village ottoman de Geyre y fut construit, puis déplacé en 1956 après un tremblement de terre.
